ENISA le deniega o retira la certificación de empresa emergente

El caso, en cinco líneas

Qué se ejercita

Recurso de alzada contra la resolución de ENISA que deniega la certificación de empresa emergente o la deja sin efecto, pidiendo su anulación y que se reconozca o se mantenga la certificación; en la retirada, antes, alegaciones en la audiencia. Agotada la vía administrativa, recurso contencioso-administrativo. Frente a la Agencia Tributaria, defensa en la comprobación del 15 % y reclamación económico-administrativa contra la liquidación o la sanción.

Ante quién

La alzada se presenta ante ENISA o ante quien la resuelve: la Orden designa a la Dirección General de Industria y de la Pequeña y Mediana Empresa, y desde la reestructuración de 2024 ENISA depende de la Dirección General de Estrategia Industrial y de la Pequeña y Mediana Empresa, así que el pie de recursos dirá cuál. Contra su resolución, expresa o presunta, el contencioso va al órgano que indique ese pie: por regla general, la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Madrid (art. 10.1.n LJCA). Lo fiscal, ante la Agencia Tributaria y, por regla general, el tribunal económico-administrativo regional y la Sala del Tribunal Superior de Justicia (art. 10.1.d LJCA). No se exige la negociación previa del artículo 5 de la LO 1/2025, propia del orden civil.

Plazo

Solicitud: ENISA resuelve en tres meses desde que está completa o se entiende estimada (art. 4.2 de la ley). Retirada: diez días hábiles de audiencia y tres meses para resolver desde el acuerdo de inicio (art. 11.1 de la Orden). Alzada: un mes desde la notificación, y pasado, la resolución es firme (art. 12.1 de la Orden; art. 122.1 LPAC); la Dirección General resuelve en tres meses o se entiende desestimada (art. 12.2). Contencioso: dos meses desde la notificación de la resolución expresa o seis desde el acto presunto (art. 46.1 LJCA). Hacienda puede liquidar durante cuatro años, plazo de prescripción que se interrumpe (arts. 66 y 68 LGT), y su liquidación se reclama en un mes (art. 235.1 LGT).

Quién puede

La sociedad que pidió la certificación o la tenía, como interesada, por medio de su administrador o de quien acredite su representación, frente a ENISA y a la Dirección General; ante la Agencia Tributaria, la propia sociedad como obligada tributaria. Si un inversor o un trabajador cuya ventaja fiscal depende de la condición de la empresa puede recurrir por su cuenta es una cuestión de legitimación que se estudia en cada caso.

Riesgo económico

Sin recurso, la resolución gana firmeza y la pérdida consta en el Registro Mercantil, a la vista de inversores y compradores. El riesgo económico mayor está en Hacienda: la diferencia entre el 15 % y el tipo que correspondía, con intereses de demora (art. 26 LGT), y una posible sanción, del 50 % si es leve (art. 191 LGT). En el contencioso, perder puede llevar condena en costas.

Denegar y retirar: dos resoluciones distintas con un mismo recurso

La certificación la pide la sociedad a ENISA, que evalúa los requisitos de los artículos 3 y 6 de la Ley 28/2022 y el carácter innovador y escalable del proyecto (art. 4.1). Instruye su Dirección de Fomento del Ecosistema Emprendedor y resuelve el Consejero Delegado, que puede delegar (art. 9 de la Orden PCM/825/2023). La denegación tiene tres orígenes: un requisito legal que falta; la falta de carácter innovador o escalable, que la Orden manda resolver como desestimación (arts. 4.1 y 5.1); o dudas razonables de riesgos reputacionales, regulatorios, éticos o especulativos del modelo de negocio (art. 4.3.i de la ley; art. 6.2 de la Orden).

La retirada es otro procedimiento. Si la empresa certificada deja de cumplir un requisito, ENISA lo inicia de oficio y resuelve de forma motivada en tres meses, previa audiencia de diez días (art. 11.1 de la Orden); también ante una inexactitud, falsedad u omisión esencial o ante un cambio no comunicado (art. 16), porque la empresa debe comunicarle de inmediato cualquier cambio que afecte a los requisitos (art. 15). Una reorganización puede bastar: la letra del artículo 6.c de la ley alcanza a la adquisición por la holding de los propios fundadores, y si esa holding controla otra empresa que no cumple, falla también el requisito de grupo del artículo 3.1.

Contra la concesión, la denegación y la retirada, la Orden prevé un solo recurso: el de alzada, en un mes desde la notificación, ante ENISA o ante el órgano que lo resuelve, al que llama Dirección General de Industria y de la Pequeña y Mediana Empresa (art. 12.1). La Orden no se ha modificado, pero desde la reestructuración del Ministerio de Industria y Turismo de 2024 ENISA depende de la Dirección General de Estrategia Industrial y de la Pequeña y Mediana Empresa: el pie de recursos dirá a cuál se dirige. Se presenta preferentemente en la sede electrónica del Ministerio, y si entra por el registro de ENISA, esta debe remitirlo (art. 12.3). Es alzada y no reposición porque la resolución de ENISA no pone fin a la vía administrativa (art. 121.1 LPAC); la de la alzada, sí (art. 13 de la Orden; art. 114.1.a LPAC).

Un mes para recurrir y tres meses que deciden el silencio

Pasado el mes sin recurso, la resolución es firme a todos los efectos (art. 122.1 LPAC) y ya no se discute por la vía ordinaria. Como la de ENISA no agota la vía administrativa, sin alzada nunca llega a existir el acto que el artículo 25.1 LJCA permite llevar al juez. Las resoluciones llegan por la Dirección Electrónica Habilitada única (DEHú), y la fecha que cuenta es la que acredita la notificación, no el día en que alguien leyó el aviso en el correo. Ese día se fija antes que nada, con el justificante en la mano.

La Dirección General tiene tres meses para resolver y notificar la alzada; si no lo hace, se entiende desestimada (art. 12.2 de la Orden; art. 122.2 LPAC), porque en los procedimientos de impugnación el silencio es negativo (art. 24.1 LPAC). La resolución que confirme la de ENISA debe estar motivada (art. 35.1.b LPAC). Expresa o presunta, abre el contencioso: dos meses desde la notificación de la expresa y seis desde que se produce el acto presunto (art. 46.1 LJCA). Cómo se plantea ese pleito lo explicamos en nuestra guía del recurso contencioso; aquí importa lo propio de este caso: el órgano judicial y el frente fiscal.

Ante una denegación hay que contar antes otro plazo. ENISA tiene tres meses desde que la solicitud completa entra en su registro, suspendidos mientras se atiende un requerimiento de subsanación, y si no notifica en ese tiempo la solicitud se entiende estimada por silencio positivo (art. 4.2 de la ley; art. 8 de la Orden). Una resolución expresa posterior solo puede confirmar esa estimación (art. 24.3.a LPAC). Por eso, ante una denegación tardía, se reconstruyen la fecha de entrada, los requerimientos y sus respuestas: si el silencio se produjo, se pide el certificado que lo acredita (art. 24.4 LPAC) y el recurso cambia de signo, porque ya no se pide la certificación, se defiende.

Qué gana una alzada: hechos mal leídos, criterios reglados y motivación

Los requisitos del artículo 3.1 son hechos que se prueban con documentos, y un error de ENISA al leerlos es el mejor motivo. Los cinco años se cuentan desde la inscripción de la escritura de constitución en el Registro, no desde su firma ni desde la certificación, y son siete en biotecnología, energía e industria; la ley menciona también la tecnología propia diseñada íntegramente en España, pero remite a la Orden, que no la desarrolla. Se discuten además el origen en una fusión, escisión o transformación, los dividendos repartidos alguna vez, el 60 % de la plantilla con contrato laboral en España, el grupo del artículo 42 del Código de Comercio y el volumen de negocio, que no puede superar los diez millones (art. 6.d).

El carácter innovador tiene una puerta reglada: se entiende cumplido si la empresa reúne al menos una condición objetiva (art. 4.3 de la Orden): gasto en I+D+i de al menos el 15 % de sus gastos totales en los dos ejercicios anteriores, o en el anterior si tiene menos de dos años; inversión, financiación o ayuda pública para I+D+i o emprendimiento innovador en los tres últimos años sin revocación; informe motivado del Ministerio de Ciencia; bonificaciones por personal investigador; Sello Pyme Innovadora; o certificación de AENOR EA0043 o EA0047, o conforme a la norma UNE 166.002. La escalabilidad tiene la suya: una póliza de crédito con ENISA de los tres últimos años, alguna vigente y sin incidencias (art. 5.3). Si ENISA deniega pese a una de ellas, no ejerce un juicio técnico: incumple una regla.

Fuera de esas puertas, la valoración de la innovación y de la escalabilidad (arts. 4.4 y 5.2 de la Orden) es técnica, y la alzada rara vez la sustituye. Lo que sí se controla es cómo se decidió. La resolución debe ser motivada (art. 9.2 de la Orden; art. 35.1 LPAC): una fórmula como «no acredita la escalabilidad», sin decir por qué, no lo es. Y si ENISA se apoyó en hechos o datos que la empresa no aportó, como un perfil profesional o una información registral, debió darle diez días de audiencia (art. 6.3 de la Orden; art. 82 LPAC). Ganar por estos motivos suele llevar a una nueva evaluación, no al certificado.

Recurrir o volver a pedirla: la cuenta del tiempo y de la fecha

Ni la Ley 28/2022 ni la Orden impiden presentar una solicitud nueva después de una denegación. Una solicitud completa obliga a ENISA a resolver en tres meses con silencio positivo (art. 4.2 de la ley); la alzada tarda hasta tres meses con silencio negativo y puede acabar en un pleito. Si la denegación nació de un plan de negocio sin datos comprobables, de documentos que faltaban o de un desistimiento por no atender a tiempo un requerimiento (art. 6.4 de la Orden), volver a presentar bien hecho suele ser más rápido que recurrir. Y si el requerimiento pide algo difícil de reunir en diez días, la ampliación de hasta cinco días más se pide antes de que venza (art. 68.2 LPAC).

La fecha también cuenta. Los beneficios se aplican desde la fecha de la certificación (art. 9.3 de la Orden), y el 15 % del Impuesto sobre Sociedades corre desde el primer ejercicio con base imponible positiva en que la empresa ya tiene la condición (art. 7 de la ley): si ese ejercicio está cerca, cada mes pesa. La Orden no impide simultanear las dos vías: interponer la alzada para que la denegación no gane firmeza y preparar a la vez una solicitud nueva que corrija lo que faltaba. Desde qué fecha surtiría efecto una certificación ganada en la alzada es una cuestión que se plantea en el propio recurso.

En una retirada, volver a pedirla solo sirve si el incumplimiento tiene vuelta atrás: deshacer la operación que formó el grupo, recuperar el 60 % de plantilla en España o ponerse al corriente con Hacienda y la Seguridad Social (art. 3.3 de la ley). Si no la tiene, porque se repartieron dividendos o vencieron los cinco o siete años, la pelea es por las fechas y por Hacienda. Los diez días de audiencia son el momento decisivo: se discuten los hechos y el día en que ocurrió el supuesto del artículo 6, y se aporta todo, porque lo que se guarde para la alzada puede no valorarse. Si ENISA notifica la resolución pasados tres meses desde el acuerdo de inicio (art. 21.3.a LPAC), se examina si el procedimiento ha caducado.

Perder la certificación no borra solo el futuro

De la condición cuelgan varios beneficios. La sociedad tributa al 15 % en el Impuesto sobre Sociedades en el primer ejercicio con base imponible positiva y en los tres siguientes, mientras la mantenga (art. 7 de la ley). Puede aplazar, sin garantías ni intereses, la cuota de los dos primeros ejercicios con base positiva, doce y seis meses respectivamente (art. 8.1), y no hace los pagos fraccionados a cuenta del ejercicio siguiente a cada uno de esos dos, si en él conserva la condición (art. 8.2). La pérdida alcanza a los inversores (art. 6) y a lo que las disposiciones finales tercera y cuarta atan a la condición: la exención de hasta 50.000 euros anuales por entregar acciones o participaciones a trabajadores, que en las opciones exige los requisitos al concederlas, y la bonificación de la cuota de autónomos del socio que controla la empresa y trabaja a la vez por cuenta ajena.

Lo que nadie le cuenta es la fecha. La certificación pierde su efecto cuando se notifica la resolución, pero los beneficios se pierden desde que ocurrió el supuesto del artículo 6 (art. 11.2 de la Orden): si el grupo se formó en agosto y ENISA resuelve en diciembre, lo aplicado entre medias está expuesto. Y Hacienda no espera a ENISA: aunque el certificado esté en vigor e inscrito, la Agencia Tributaria puede comprobar que los requisitos del artículo 3 se cumplían y se mantenían, y regularizar lo que proceda (art. 5.1 de la ley). El artículo 8.1 exige la condición al pedir el aplazamiento y no dice qué ocurre si se pierde después: lo aplazado conviene tenerlo provisionado.

La regularización es la diferencia entre el 15 % y el tipo que correspondía, con intereses de demora (art. 26 LGT), mientras no prescriba el derecho a liquidar, que dura cuatro años (art. 66.a LGT) y se interrumpe con cualquier actuación de la Agencia Tributaria dirigida a comprobar, regularizar o liquidar el impuesto, realizada con conocimiento formal de la sociedad (art. 68.1 LGT). Dejar de ingresar es infracción leve, del 50 %, si la base de la sanción no pasa de 3.000 euros o no hay ocultación, y grave, del 50 al 100 %, si la base supera esa cifra y hay ocultación (art. 191 LGT). Quien aplicó el 15 % con un certificado inscrito, que la ley declara condición necesaria y suficiente, puede sostener que puso la diligencia necesaria (art. 179.2.d LGT); el argumento se debilita si no comunicó el cambio. Y regularizar por iniciativa propia, sin requerimiento, evita la sanción, aunque no los recargos del artículo 27 (art. 179.3 LGT).

Después de la alzada: el juez, la cautelar y la reclamación ante Hacienda

Desestimada la alzada, el contencioso se interpone ante el órgano que indique el pie de recursos. Resuelve una Dirección General del Ministerio, órgano central del Estado de nivel inferior a secretario de Estado, y como ese acto no está atribuido a otro órgano judicial, la regla general es la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Madrid (art. 10.1.n LJCA). Si el pie remite a la sección de lo contencioso-administrativo del Tribunal Central de Instancia, por ser de ENISA el acto originario (art. 9.1.c LJCA), se comprueba antes de presentar. No se exige la negociación previa del artículo 5 de la LO 1/2025, que es propia del orden civil.

Recurrir no devuelve la condición. ENISA comunica la pérdida al Registro Mercantil (art. 14.2 de la Orden), cuya consulta en línea muestra si la sociedad es emergente (art. 5.2 de la ley), y eso lo ven inversores, compradores y trabajadores con opciones. Si esperar a la sentencia causa un daño serio, como una ronda de financiación que exige la condición, se pide la medida cautelar (art. 129 LJCA), que solo se acuerda si la ejecución pudiera hacer perder su finalidad legítima al recurso, tras valorar todos los intereses en conflicto (art. 130 LJCA). La cautelar no detiene a la Agencia Tributaria, que comprueba por su cuenta.

Frente a Hacienda, el camino es otro. La liquidación o la sanción se recurren mediante reclamación económico-administrativa en un mes desde el día siguiente a la notificación, presentada ante el órgano que dictó el acto, que la remite al tribunal (art. 235 LGT); resuelve normalmente el tribunal económico-administrativo regional y después conoce la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Superior de Justicia (art. 10.1.d LJCA). Lo ganado frente a ENISA se aporta allí como prueba de que la empresa cumplía. Si la retirada está bien fundada, a veces lo rentable es regularizar pronto el ejercicio afectado y concentrar la defensa en los anteriores. Llevamos los dos frentes a la vez, porque lo que se dice en uno se lee en el otro.

Cómo lo llevamos, paso a paso

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   Fijar la fecha y qué ha llegado

   Se descarga de la DEHú la notificación con su fecha y su pie de recursos y se identifica qué es: el acuerdo de inicio de una retirada con diez días de audiencia, una denegación o una retirada ya resuelta. Con esa fecha se cuenta el mes de la alzada y, en una denegación, se comprueba si llegó después de los tres meses del silencio positivo.

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   Pedir el expediente y leerlo entero

   Se pide a ENISA copia del expediente: la solicitud, los requerimientos y sus respuestas, la evaluación y los datos de terceros que usó. Ahí se ve si hay un error de hecho, si se ignoró un criterio objetivo de los artículos 4.3 o 5.3 de la Orden o si faltó la audiencia del artículo 6.3.

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   Decidir entre recurrir, volver a pedirla o ambas cosas

   Se compara el tiempo de la alzada con el de una solicitud nueva, se identifica el primer ejercicio con base imponible positiva y, en una retirada, se ve si el incumplimiento tiene vuelta atrás. La decisión se toma con usted, con números y antes de que venza el plazo.

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   Alegar o recurrir con la prueba completa

   Se redactan las alegaciones o la alzada con los hechos corregidos, la regla incumplida, la falta de motivación o de audiencia y los documentos que lo prueban. La alzada la presentamos nosotros, con su apoderamiento, en la sede electrónica del Ministerio; si el portal de ENISA no nos admite para las alegaciones, su administrador firma el escrito que dejamos preparado. Su certificado digital nunca tiene que dárnoslo.

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   Medir el frente fiscal y decidir si se regulariza

   Se calcula, ejercicio a ejercicio, lo que suponen el 15 %, lo aplazado y los pagos fraccionados no hechos desde la fecha del supuesto del artículo 6. Con esa cifra se decide si defender lo aplicado o regularizar sin esperar requerimiento, que evita la sanción (art. 179.3 LGT), y se avisa a los inversores y trabajadores afectados.

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   Llevarlo al juez o al tribunal económico-administrativo en plazo

   Si la alzada se desestima, se interpone el contencioso en dos meses desde la notificación de la resolución expresa, o en seis desde la desestimación presunta (art. 46.1 LJCA), ante el órgano que indique el pie de recursos, por regla general la Sala de lo Contencioso-administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Madrid, con la cautelar si hace falta. Si Hacienda liquida o sanciona, se reclama en un mes (art. 235.1 LGT).

La norma aplicable

• Arts. 3 y 6 Ley 28/2022. Define la empresa emergente por requisitos que deben reunirse a la vez: cinco años desde la inscripción (siete en biotecnología, energía e industria), no nacer de una fusión, escisión o transformación de una no emergente, no repartir ni haber repartido dividendos, no cotizar, sede social, domicilio social o establecimiento permanente en España, 60 % de la plantilla con contrato laboral en España y proyecto innovador y escalable, que en un grupo debe cumplir el grupo o cada empresa; y enumera cuándo la empresa y sus inversores dejan de acogerse a los beneficios, entre otros casos al ser adquirida por una no emergente o superar diez millones de volumen de negocio. BOE-A-2022-21739
• Arts. 4.2 y 5.1 Ley 28/2022. ENISA resuelve en tres meses desde la entrada de la solicitud completa, con suspensión mientras se subsana, y su silencio es positivo; la condición inscrita en el Registro es necesaria y suficiente para los beneficios, aunque la Administración tributaria puede comprobar que los requisitos del artículo 3 se cumplen y se mantienen y regularizar lo que proceda. BOE-A-2022-21739
• Arts. 7 y 8 Ley 28/2022. Tipo del 15 % en el primer período con base imponible positiva teniendo la condición y en los tres siguientes, si se mantiene; aplazamiento con dispensa de garantías y sin intereses de la deuda de los dos primeros períodos con base positiva, por doce y seis meses; y exención de los pagos fraccionados a cuenta del período siguiente a cada uno, si en él se mantiene la condición. BOE-A-2022-21739
• Arts. 4, 5, 6 y 9 Orden PCM/825/2023. Fija las condiciones objetivas que acreditan el carácter innovador y la aprobación directa de la escalabilidad por una póliza con ENISA, la audiencia de diez días si ENISA usa datos que no aportó la empresa y el desistimiento si no se atiende el requerimiento; resuelve de forma motivada el Consejero Delegado y los beneficios se aplican desde la fecha de la certificación. BOE-A-2023-16817
• Arts. 11 a 16 Orden PCM/825/2023. La pérdida de efecto se inicia de oficio y se resuelve en tres meses con audiencia de diez días, y opera desde su notificación aunque los beneficios se pierdan desde el supuesto del artículo 6 de la ley; cabe alzada en un mes ante la Dirección General de Industria y de la Pequeña y Mediana Empresa, que resuelve en tres meses con silencio desestimatorio y pone fin a la vía administrativa; ENISA comunica la pérdida al Registro y la empresa debe comunicar de inmediato cualquier cambio. BOE-A-2023-16817
• Arts. 24, 35 y 122 LPAC. La resolución expresa posterior a un silencio estimatorio solo puede confirmarlo, y el silencio en los procedimientos de impugnación es desestimatorio; deben motivarse los actos que limitan derechos y los que resuelven recursos; la alzada se interpone en un mes, pasado el cual el acto es firme, y se resuelve en tres meses. BOE-A-2015-10565
• Arts. 10.1 y 46.1 LJCA. Las Salas de lo Contencioso-administrativo de los Tribunales Superiores de Justicia conocen de las resoluciones de los tribunales económico-administrativos regionales que ponen fin a la vía económico-administrativa y, como cláusula residual, de las actuaciones no atribuidas a otro órgano; el recurso se interpone en dos meses desde la notificación del acto expreso que agota la vía administrativa y en seis desde el acto presunto. BOE-A-1998-16718
• Arts. 66, 179 y 191 LGT. El derecho a liquidar prescribe a los cuatro años; no hay responsabilidad por infracción si se puso la diligencia necesaria, por ejemplo al amparo de una interpretación razonable, ni si se regulariza voluntariamente, sin perjuicio de los recargos; dejar de ingresar es infracción leve del 50 % o grave del 50 al 100 %, según la cuantía y la ocultación. BOE-A-2003-23186

Artículos comprobados uno a uno contra el texto consolidado del BOE.

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